故事起始于遥远的“圣经时代”……



根据最为古老的犹太《圣经》记述，被称为第一使徒的亚当（Adam）与他的第一个妻子第二使徒莉莉斯 （Lilith）结合，从而诞生了“魔界之子”路西法（Lucifer，又译“李林”）。然而，莉莉斯因为不甘臣服于亚当而逃离伊甸园，最终成为了地中海 一带作恶多端的“邪恶圣女”。
然而，上帝耶和华（YHWH）不能宽恕莉莉斯的背叛行为，于是便派天使（使徒）去捉拿她。但是，莉莉斯与亚当之 子，身为第十八使徒和“天使长”的路西法，却违背了神的遗志，试图阻止对莉莉斯的捉拿。因此，路西法成为了“叛神者”，但仍然保持了天使的“美称”，被称 为是“堕落天使”。
上帝被接二连三的背叛激怒，向路西法发出最后的警告，希望他能迷途知返。然而，路西法为了母亲莉莉斯而放弃了忏悔，拒绝“和解”。于是，盛怒的神褫夺了亚当、莉莉斯以及路西法的天使称号。并派出其余的十五个使徒组成“神军”，讨伐叛逆。
在地中海边，路西法孤身于“神军”展开决战。力量单薄的路西法，在经历了三昼夜的血战之后，最终死在众天使的脚下。同为“神的后裔”，这场路西法与众天使之间的“同族”之战，终于以背叛者的失败而告终。
而在远方的伊甸园中，亚当和夏娃因为偷吃了“智慧之果”，而触犯了神的禁忌，背负着“原罪”，被赶出了伊甸园。人类从此脱离了神的世界，得以自立。
千百万年以后，“诺亚时代”来临。此时的人类变得日益堕落，骄横跋扈、不敬神明。为了惩罚人类，神降下“大洪水”，淹没了整个世界。这就是“第一次冲 击”（The First Impact）。然而，人类毕竟是“神的后裔”，虔诚谦恭的诺亚得到了“神喻”，从而用诺亚方舟保全了家人和尘世上的生灵。人类得以在灾难中幸免。
在此后的岁月里，人类开始创造自己的文明。在千百年之后，获得了以前被认为只能属于神的“魔术”，人类则称其为“科学”。
1999年，当人们为“千禧年”的到来而欢呼雀跃的时候，任教于京都大学的冬月幸增教授与碇唯相识。不久之后，碇唯将自己的男友六分仪元渡介绍给冬月教授。据说，元渡正在借与唯交往的机会，试图接触她背后的神秘组织SEELE。
2000年9月13日，神的惩罚终于再次降临了。在南极大陆上，发生了一起不明原因的巨大灾变，而在此之前没有任何征兆。这场巨大的浩劫，造成海平面剧 烈上升、地轴扭曲、地磁场不规则扰动。不明来历的灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩溃、民族纷争、内战……其结果是世界人口急速减少，只剩下原来 的一半。南极成为了宁静的死寂地域。这是人类在“诺亚时代”之后，经历的最重大浩劫。史称“第二次冲击”（The Second Impact）。然而，人类终究是智慧生命，重建工作在短暂的混乱之后，逐步展开。
2001年，故事的主角碇真嗣诞生。而且，此后被授命驾驶EVA的人，也都在这一年出生。这被认为是“EVA”众多谜团中，并不显眼的一个。
2002年，元渡和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。联合国正式发表公告，宣称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石冲击南极大陆所导致，其破坏性相当于6000万年前的地球与小行星的撞击。
事实上，稍有科学常识的人都能够轻而易举的戳穿这个并不严密的谎言。但是，一切有关“真相”的质疑和猜测，都被严格限制在小范围内。不过，现实毕竟难以 掩盖。在专家圈内，流传着一些保留下来的照片。在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有些幸存者声称，曾经见到在冲击浪的中心，有数对巨大的翅膀。 其实，“第二次冲击”完全是人类自己造成的。前面提到过，亚当作为“人类的始祖”，其真正的身份是第一使徒。人类曾经在不经意之间捡到了亚当的身体。然 而，作为“神”的亚当是不应该留在人间的。但是，人类——或者说是少数几个知道事实真相的“精英”，却要逆天行事。于是，当第二使徒莉莉斯来到人间要找回 亚当时，人类不得以引发了“第二次冲击”，这才将莉莉斯的躯体封印在十字架上。但是，莉莉斯却把另外15个使徒的“核”散播到世界各处，为的是等他们长大 以后夺回亚当。就这样，已经恢复到卵状态的亚当，以及莉莉斯被封印的身体，都被留在了人间。
一年以后，即2003年，联合国最终完成对南极的 调查。根据调查结果，在位于富士山脚下的箱根，建立了人工进化研究所。而此时元渡已经成为这个研究所的重要人物，冬月教授也在探访了人工进化研究所后，加 入了这个组织。此后，在人工进化研究所的基础上逐渐形成了日后使徒与EVA的主战场——第三新东京市。
2004年，用来对抗使徒的人形兵器 EVA的实验型号完成，随后进行了启动实验。然而，首次试验以失败而告终。主动担任驾驶员的碇唯在事故中丧生，而碇真嗣碰巧目睹了整个事故的全过程，心灵 受到极大的伤害。自从经历丧妻之痛以后，碇真嗣的父亲元渡便开始将工作的重心转向更为隐秘的“人类补完计划”。
2010年，日后成为NERV的中枢电脑“三贤人”（MAGI）系统完工。当日，系统的主要开发者赤木尚子神秘自杀。人工进化研究所经过重组，成为了新的秘密特殊任务组织NERV。
2015年，决定人类未来命运的时刻终于到来了。同样是在毫无征兆的前提下，巨大的不明生物体开始突击第三新东京市。而“敌人”的真实身份都是第三使 徒，他的到来是为了把留在NERV总部地底深处的亚当和莉莉斯带回神的世界。面对使徒的攻击，盟军的抵抗显得软弱无力。而此时此刻，在已封锁的街道上，有 一位彷徨的少年——他会成为拯救世界的英雄吗？
徘徊在街道上的这个少年，就是已经14岁的碇真嗣。此时的他，正在按照父亲来信中的吩咐寻找 NERV的作战部长葛城美里。可是，由于使徒来袭，第三新东京市的通讯全部中断，真嗣无论如何也联络不到美里。另一方面，葛城也正在驾车寻找真嗣的下落。 就在真嗣准备暂时先去防空洞避难的时候，大地却突然开始振颤。远方，随着盟军空中武装机队的败退，使徒的巨大身影，第一次出现在真嗣的面前。
在NERV总部，已经分别成为NERV正、副司令官的碇元渡和冬月幸增，正在密切的注意着战事的发展。战斗的激烈程度超出了任何人的想象，常规战法在拥有 “绝对领域”的使徒面前根本就是无能为力。最终，总部不得不采取具有巨大破坏力的N2地雷，进行近乎“自杀”的疯狂作战。然而，即使如此也仅仅是稍微延缓 了使徒进攻的脚步。面对如此的局面，盟军统帅部不得不按照约定，将与使徒作战的全权委托给碇元渡负责的NERV。
就在使徒暂停攻击的短暂时间 里，葛城带着在战场上巧遇的碇真嗣回到位于第三新东京是地下的NERV总部。而此时，真嗣最想见到的人就是已经久违了的父亲——他们已经有将近三年没有见 面了。在前往基地核心区的途中，方向感不佳的葛城迷了路，不得不求助于技术开发部门的首席科学家赤木律子。在律子和美里的陪同下，真嗣第一次见到了EVA 初号机。
就在真嗣目瞪口呆的面对EVA的时候，一种似曾相识的感觉油然而生。哪知道，真嗣的父亲元渡却突然出现在众人的面前。久别之后的重 逢，却没有任何的欢乐和寒暄。元渡只是命令真嗣乘上EVA，去和近在咫尺的使徒搏杀。当真嗣得知这才是父亲将自己找来的唯一原因时，伤心而悲愤的他断然拒 绝了父亲的命令。而真嗣的拒绝早在父亲的预料之中。随着使徒的逐渐逼近，碇元渡召唤出在前次实验中身受重伤的绫波丽，命令她代替真嗣出战。面对抱着纱布且 还在输血的绫波，真嗣受到极大的震撼，终于答应乘坐EVA出战。
准备就绪的初号机被巨大的传输系统运送到地面。在夕阳的最后一缕余辉中，初次 作战的EVA与来袭的使徒正面相对。在葛城和赤木的指挥下，真嗣操纵着EVA迈出了第一步，但是当他试图继续前进的时候，却不自觉的摔倒了。面对狂奔而来 的使徒，恐惧占据了真嗣的全部心灵。随之而来的是使徒一连串的猛烈攻击。初号机的手臂和头部受到严重的损坏，陷入瘫痪状态，驾驶员真嗣也陷入了无意识状 态。就在大多数人都认为作战失败的时候，遭到重创的EVA初号机却不明原因突然陷入“暴走”状态，用近乎“虐杀”的方式，突破使徒赖以防御的“绝对领 域”，逼迫使徒以“自爆”方式与之同归于尽。烟尘散尽后，人们看到的是几乎完好无缺的EVA初号机。面对如此情景，NERV总部的大部分成员都震惊不已。 战斗结束后，几乎没有受伤的真嗣被送进了医院，接受短期的观察治疗。而清理战场和维修初号机的工作也在有条不紊的展开。
在完成了预定工作之 后，葛城美里来到医院接真嗣出院。当美里得知NERV安排真嗣独自居住的时候，感到非常的不安。于是，葛城要求将真嗣带回自己的住处同住，并获得了高层的 首肯。自此以后，真嗣就寄住在了葛城家，而葛城美里也顺理成章地做了真嗣的监护人。不过，与其说葛城收留了真嗣，倒不如说是不善家务的葛城给自己找了一个 “保姆”。从此，因为长期独居而擅长家务的真嗣便“承包”了葛城家的所有家务。
在葛城家住下以后，真嗣也开始了自己在第三新东京市的生活，与 另一位已知的EVA驾驶员绫波丽在同一间学校学习。每天除去普通的课程之外，真嗣还必须到NERV接受EVA的操纵训练，以期尽快熟练的掌握操作技巧。对 于被强加的生活方式，真嗣显得异常消极，身为作战部长的葛城美里和技术总监赤木律子都对真嗣的状态感到忧心忡忡。
在学校里的生活，也不尽如人意。虽然已经上了两个星期的课，但是真嗣的移动电话却从没使用过——这意味着他还是没有交到一个朋友。不过，当同班同学发现“碇真嗣就是巨大战斗机器人的驾驶员”时，他马上成为人们注目的焦点。
下课之后，真嗣被同班同学铃原东治痛打了一顿。原来，东治的妹妹在上次战斗中无辜受伤，铃原将妹妹的受伤规罪于驾驶员的失误，并为此耿耿于怀。被打倒在地的真嗣无助的躺在地上。这时，绫波丽突然出现在真嗣的面前，向他传达了“紧急召集”的命令。第四使徒已经如约而来。
使徒的进攻警报，弥漫在整个城市上空，第三新东京市进入全面警戒状态。真嗣的同学们都在防空洞内集中，这其中也包括铃原东治和“武器迷”相田剑介。在相田的怂恿下，铃原同相田一起离开防空洞，希望能够见到与使徒作战的真实场景。
面对使徒的攻击，真嗣驾驶的EVA初号机出动了。可是训练中操练的战法，并没有在实战中给真嗣带来任何帮助。面对疯狂进攻的使徒，真嗣选择了逃避，但这 并没有给他带来什么好处，反而让他陷入了更大的危机中。使徒利用自己“光带”式的长臂，将初号机重重的甩在远处的山丘上。而这时，真嗣和指挥作战的 NERV总部都发现了正在此处“观战”的铃原和相田。这个突如其来的变故，让真嗣陷入两难的境地。出于本能，他操纵初号机试图保护两个人。与此同时，负责 指挥作战的葛城指示真嗣让两人进入驾驶舱。这个决定遭到了律子的反对，但是葛城还是设法说服了律子，“收容”命令得以执行。
可是，由于驾驶舱 里多出了两个人，EVA的神经操纵系统受到干扰，作战效能剧烈降低。可是使徒的攻击却没有减弱。随着时间的流逝，EVA的能量几乎耗尽，败阵似乎已成定 局。就在这千钧一发之际，孤注一掷得真嗣拔出高震动粒子刀，奋力刺向使徒。这奋力的一击终于击破了使徒的“绝对领域”。战斗在最后一刻结束了。
战斗结束之后，葛城对真嗣不服从命令的举动非常不满，大声的斥责真嗣。真嗣却若无其事的表示：除了自己无人能够驾驶EVA，所以他将继续这个工作。由自卑到自负，其实是一个相同的心理动机在左右着真嗣。
事后，铃原对自己先前无理殴打真嗣感到非常愧疚。他从相田那里得到了真嗣的手机号码，便想打电话过去道歉，然而真嗣的电话却无人应答。真嗣到底怎么了？ 原来，真嗣在经历了多重打击之后，完全丧失了继续留下来的信心。于是，便决定离家出走。就在葛城美里准备前去寻找真嗣的时候，铃原和相田却出现在葛城家门 口，原来他们是特意前来登门拜访真嗣的。出于职业的敏感，美里对他们隐瞒了真嗣失踪的消息。
出走的真嗣乘车来到遥远的山村，从翠绿的高山上远 望城市，真嗣的心情多少有些改善。傍晚时分，真嗣无意中遇到了正在独自玩“打仗”的相田。在“营地”，相田说很羡慕真嗣能够驾驶EVA与使徒作战，真嗣却 希望相田不要尝试那种生活。转天早上，NERV保安部的特工找到了“营地”并带走了真嗣。
在NERV的禁闭室，真嗣见到了葛城。葛城问他是否要放弃。真嗣回答说，自己虽然不愿意，但是却不想拖累别人，因此会继续留下。这种回答让葛城非常失望，她郑重其事的告诉真嗣：如果决定放弃，就马上离开，回到以前的生活中去。
在车站，真嗣见到了前来送行的铃原东治和相田剑介。铃原要真嗣将自己打过他的那一拳打还给他，真嗣照做了，两个人之间的隔膜就此烟消云散。铃原和相田向真嗣保证，他们决不允许有人说真嗣的坏话。此后，真嗣被NERV的特工强行带走。
当列车缓缓开动的时候，葛城美里驾车感到车站。目送着原去的列车，葛城感到了些许无奈。就在他准备离开的时候，她突然发现真嗣正站在对面的月台上。真嗣没有逃走，他留下来了。
时间回到第三使徒来袭前的几周，由绫波丽驾驶的EVA零号机在接受测试时意外失控，绫波丽乘坐的机舱被从EVA中弹出。这次事故几乎让绫波丽丧命。多亏在场的碇元渡忍住被烫伤的剧痛打开机舱的封盖，才救下了绫波丽。在这个过程中，元渡的眼镜摔坏了。
这天，葛城美里和碇真嗣来到存放使徒“遗体”的秘密基地。在这里，赤木律子向他们说明了对使徒研究的初步结果。虽然对使徒的了解还非常有限，但是却还是有一个惊人的发现：在使徒的身上又超过99.98%的DNA与人类相同。
恰巧，真嗣的父亲碇元渡和冬月副司令也来到了这里。真嗣注意到父亲手上的烧伤痕迹。赤木告诉他，那是先前为了救助绫波丽而造成的。
回到学校之后，真嗣开始注意绫波丽的一举一动。这甚至招来了其他人的误会。真嗣从铃原和相田的口中得知，比自己更早转学来的绫波丽，一直以来都是沉默寡 言、不苟言笑。然而，在一次例行的测试实验中，真嗣无意中发觉了绫波里的另一面。当她面对自己的父亲碇元渡时，就会显露出难得一见的灿烂笑容。真嗣为此困 惑不已。
晚上，葛城邀请赤木博士来家里就餐。然而，葛城的厨艺的确是差强人意，搞得所有人都没了胃口。餐后，律子取出了绫波丽的新通行证，拜 托真嗣转交。真嗣为此来到了绫波丽的寓所。因为按了很长时间的门铃都无人应声，真嗣便小心翼翼的走进了绫波丽的房间。不想，却让他发现了一副破损的眼镜 （就是碇元渡的那副眼镜），真嗣满腹狐疑的戴上了它。就在此时，他突然听到门声，回头却见绫波丽站在身后。眼见绫波丽愤怒的走上前来，真嗣乱了章法，毛手 毛脚的扑倒了绫波丽。其实，绫波丽的本意只想取回那副眼镜。更加紧张的真嗣，努力向绫波丽表明自己的清白和无心。而绫波丽却显得无所谓，收好眼镜之后，便 自顾自的离开了寓所。
两个人先后抵达了总部。绫波丽因为旧证件失效而无法进入总部，这时候，真嗣赶上来递过去新证件，绫波丽则毫无表情的接在 手里。在前往实验场的途中，真嗣问绫波丽对于即将进行的实验是否害怕。而绫波却反问真嗣为什么怀疑自己父亲的能力。激动的真嗣开始发泄对于自己父亲的不 满，可换来的是绫波一个响亮的耳光。
零号机再次启动实验取得了成功。与此同时，第五使徒已经悄无声息的出现在了人们的视野中。为了迎战使徒， 真嗣驾驶初号机再度出击。但是，由于对新使徒的战术缺乏研究，首战失利，初号机败阵，真嗣身受重伤，常规作战计划被迫取消。得手后的使徒伸出巨大而坚固的 钻头，开始突击NERV位于地下都市的总部。即使是最坚固的装甲板，充其量也只能延缓使徒的攻击。NERV若想在此次战斗中获胜必须有依赖新战术。
在充分的了解了使徒的特点后，葛城提出了一个大胆的作战计划，即以EVA专用阳电子炮进行定点突击，以强力摧毁使徒的“绝对领域”置其于死地。为此，两 架EVA必须配合作战，同时此次作战所需的电力需要由全日本的电力系统供给。对于整个计划而言，真嗣的态度是最大的变数，但是绫波丽的表现却让真嗣最终选 择了接受命运。
战斗准备正在有条不紊的进行着，踏着夕阳的余辉，两架EVA背负着希望出动了。当午夜钟声响起的时候，被命名为“屋岛作战计 划”的行动正式开始。谁知，就在真嗣扣动班机的时候，使徒也发动了攻击。在两股阳电子流相遇的一霎那，由于物理效应而导致偏差，首次攻击失败。与此同时， 使徒的钻头突破了最后的防护装甲，侵入地下城内。葛城下令进行第二次发射。而使徒的攻击却没有丝毫的停歇。危急时刻，负责防御的零号机以特制盾牌抵挡住了 使徒的物理打击，为第二次发射争取了时间。就在零号机的防守行将崩溃前，真嗣再次扣动班机——第五使徒被消灭。
战斗结束后，真嗣的拼命将载有绫波丽的机舱从遭受重创的零号机中取出，不顾一切的亲手打开机舱封盖救出绫波丽。面对真嗣，绫波丽说：“我不知道该如何面对你？”真嗣回答：“微笑就可以了。”
然而，EVA的使命不仅仅是与使徒对决。某日，葛城和赤木应邀出席了日本重化学工业联合体主办的新型JA核动力无人驾驶陆战机器人的发布会。JA的设计 者宣称研制这款机器人的目的是为了代替EVA，并且对赤木律子提出“可靠性”的问题不屑一顾。不过，事实胜于雄辩。JA的初次试验就发生了意外。此时的 JA犹如一枚行走的核弹。面对如此紧迫的局面，真嗣驾驶初号机紧急出动，将葛城送入了JA机器人的内部。葛城冒着生命危险，赶在内置反应堆爆炸前，关闭了 机器人的动力系统。危机解除了。
盟军太平洋舰队奉命运载由NERV德国支部负责制造的EVA二号机及其驾驶员，前往日本本土。葛城美里带着真 嗣、铃原和相田一同前往迎接。在舰队的旗舰上，他们见到了来自德国的二号机驾驶员明日香。而葛城也意外的发现，昔日的男友加持良智也在船上。原来，加持这 次表面上是护送明日香和二号机去日本，实际上还负责运送（胚胎化）第一使徒亚当到NERV总部。不想，第六使徒突然从水下发动攻势，企图夺回亚当并摧毁 EVA。二号机紧急出动，展开水下作战。最终，在付出了太平洋舰队几乎全军覆没的代价之后，EVA以“舰炮狙击”战术击破使徒的绝对领域。几天后，已经在 德国完成大学学业的明日香，以高中生的身份转入了真嗣和绫波丽所在的学校。
如同往常一样，第七使徒也悄无声息的向第三新东京市袭来。鉴于此前 历次作战对于城市的巨大破坏。此次，EVA初号机与二号机联手作战，试图在使徒登陆前将其消灭。可惜，由于战术失当和配合不力，EVA初战失利，不得不再 度使用N2地雷暂时延缓使徒的进攻。因为第七使徒拥有“一分为二”的本领，所以战斗成败的关键也就在于两架EVA能否分毫不差的协同作战。为此，葛城美里 选择了一首长度为62秒的乐曲，要求真嗣和明日香以音乐节拍为基准练习协同作战。可是，两人最初的配合，根本就找不到默契。明日香将责任完全推给真嗣，葛 城便让绫波丽代替明日香，结果非常成功。自尊心极强的明日香不愿认输，于是便努力的练习，终于达到了作战要求。当使徒恢复行动能力的时候，两架EVA同步 展开“62秒作战”，成功的歼灭使徒。
在经历了多次的防御作战后，NERV试图采取更加主动的作战方式，并且成功的找到了尚未发育成熟的第八 使徒。NERV决定派出经过特别改装的二号机，希望能够完整的俘获位于地下1200米处熔岩层中的使徒幼体。但是，当明日香戴着被俘获的使徒返回地面的时 候，使徒突然觉醒，二号机被迫仓促迎战。好在真嗣驾驶的初号机及时援手，这才化险为夷。
数日后的一天，NERV总部的三套供电系统同时发生故 障，基地在失去能源供给的情况下，陷入瘫痪状态。包括碇元渡在内的高层人物都怀疑这是一次蓄意破坏。果然，在NERV毫无防备的状况下，第九使徒迅速袭 来。危急时刻，NERV被迫决定以手动方式发射EVA。这是三架EVA的首次协同作战。然而，当他们还在垂直通道中行进时，却遭到了来自使徒的强酸攻击。 为此，三架EVA重新分配任务，一举摧毁了蜘蛛状的第九使徒。
由于在作战指挥中的出色表现，葛城美里得到了晋升。可是，她对此似乎并不感到兴 奋。让他永远无法忘记的是胸前那道清晰的伤痕。15年前，当“第二次冲击”发生的时候，美里的父亲拼尽全力救出了女儿，自己却不幸罹难。葛城是为了复仇才 加入NERV的。由于正、副司令官身负秘密使命前往南极，葛城成为了NERV的最高作战长官。
硕大无比的第十使徒悄无声息的出现在印度洋上 空，紧接着便向地球表面投下一连串威力巨大的“航弹”，而它本身就是一个威力更大的“炸弹”。很明显，它的目的在于从空中完全摧毁NERV和EVA。要么 撤退，要么决战，葛城选择了后者，虽然好友赤木律子质疑她的动机，但是葛城已经下定了决心。这是一场速度与默契的较量，除非做到“完美”，否则决无胜算。 结果，EVA没有让任何人失望——他们再次获胜而归。
“三贤人”（MAGI）系统是具有人性化操作界面的超级计算机。按照它的开发者赤木尚子 的说法，组成它的三个人性逻辑模型，分别是“母亲”、“女人”和“科学家”。它是NERV的主脑和心脏，也是律子母亲赤木尚子的杰作。然而，在一次例行实 验中，系统外围蛋白质壁上的一块并不显眼的腐蚀斑，却不明原因的迅速扩散。当防御装置试图用激光阻止它们扩散时，却遭遇了“绝对领域”。原来，这就是类细 菌态的第十一使徒。
使徒的目的非常明确：侵入并控制“三贤人”系统，进而诱发整个基地的自爆。虽然通过注入化学制剂的手段，曾经一度阻挡住了 使徒的进攻。但是，使徒作为微生物的强大适应力，却还是占了上风，一道道防线不断地被突破，胜负似乎已经只是时间的问题了。关键时刻，赤木以改变电脑逻辑 程序的方法争取到了两个小时的时间。在了解了使徒的攻击原理之后，赤木决定诱敌深入，在最后一秒钟瓦解了使徒的进攻，NERV转危为安。
自从第十一使徒被击溃之后，NERV和第三新东京市迎来了难得的平静。但是，对于使徒的来袭，以及那个神秘的“人类补完计划”，所有知情者都守口如瓶。谜团的背后是否隐藏着阴谋？而希望又在何方？人们只能拭目以待。
周日，真嗣、明日香和葛城美里三人都离家赴约。真嗣出行的目的是为了拜祭母亲，同时与父亲碇元渡见面。明日香是受了好友桐木光的邀请，盛情难却。葛城则是为了参加同事的婚礼。
婚宴上，放荡不羁的加持良智姗姗来迟，这让葛城多少有些不快。其实，加持良智与葛城美里、赤木律子，都曾经就读于第二新东京大学。三人之间的关系也颇为 暧昧，葛城还曾经与加持同居，但后来因为葛城执意加入NERV，两人才分手。数年后的重逢，让两人都深感意外。宴会结束后，三人又去酒吧叙旧。葛城喝得酩 酊大醉，加持送她回家。途中，葛城向加持吐露了内心的苦闷。
转天，当加持准备潜入NERV的绝密核心区域“最终教条”的时候，葛城从背后用枪 顶住了他的脑袋。原来，加持良智表面上是NERV特别监察部门的职员，暗地里却是日本政府内务省调查部的间谍。然而，当加持打开“最终教条”的铁门时，出 现在二人面前的是被封印在十字架上的“亚当”（这其实是二人的误解，被封印在十字架上的其实是第二使徒莉莉斯），这难道就是答案吗？
真嗣作为EVA驾驶员的表现越来越好，而且还超过了向来自负的明日香。明日香对这样的结果非常的不满，对周围的人牢骚满腹。就在真嗣渐渐树立起自信心的时候，第十二使徒出现在第三新东京市，新的战斗已经无可避免。
第十二使徒与以往的使徒有很大的区别，浮动在空中的巨大球状物，只是它用来自我伪装的影子，而球状物底下看似阴影的部分才是使徒的实体。由于不明底细， 真嗣落入了使徒的陷阱，被困在使徒体内的名为“格拉古之海”的虚度空间里。随着时间的流逝，EVA初号机的动力即将耗尽，真嗣也面临着生命危险。可是，初 号机在能量耗尽的情况下，再次非常规重新启动，一举从内部摧毁了使徒。
由赤木律子负责的技术开发部门正在紧锣密鼓的开发一种能够使EVA在无 人状态下照常工作的设备（“Dummy System”）。这一技术后来被证明是EVA量产型研发的基础。而传说中的“第四适格者”也渐渐浮出水面。在基地的休息区，真嗣意外的遇到了加持先生。 加持带真嗣到自己栽种的瓜田是“参观”，并且给了真嗣许多的鼓励，这让真嗣对加持的看法有了很大的改观。
或许没有人会想到，原本并不起眼的铃原东治以“第四适格者”的身份成为了从NERV美国（第一）支部转移来的EVA三号机驾驶员。在此之前，同样由美国负责建造的EVA四号机，在实验中发生意外，整个NERV美国（第二）支部也因此而毁灭。
当EVA三号机的首次启动实验开始后不久，潜伏在三号机体内的第十三使徒（很可能是在三号机的运输过程中侵入的）突然出现，三号机失控，松代实验场被摧 毁。由于葛城不在基地，碇元渡直接指挥EVA出战。可是真嗣因为不愿伤害三号机内的驾驶员，拒绝执行进攻命令。碇元渡便命令启动尚处于试验阶段的 “Dummy System”，这是初号机首次在无人驾驶状态下作战。结果，EVA三号机与第十三使徒同归于尽。铃原虽然侥幸生还，但却身受重伤。好在，体贴的桐木光一 直陪伴在他的身边。
目睹了自己的好友铃原被初号机所伤，真嗣受到了极大的刺激。他竟然操纵EVA攻击碇元渡。但却被轻易制服。根据NERV的条例，真嗣的行为已经构成了严重的犯罪。真嗣本人也当面向父亲表示不愿在驾驶EVA。但是，真嗣真的会就此离开吗？
就在真嗣准备乘车离开第三新东京市的时候，警报再次响起。空前强大的第十四使徒，在初号机处于空置的状态下来犯，并轻而易举的突破了NERV的表面装 甲。明日香驾驶的二号机和绫波丽的零号机（尚未完全修复）先后被击败，使徒直捣NERV总部的中枢地带。此时，因为使徒的攻击而未能准时离开的真嗣，心情 复杂而矛盾。没想到，久未谋面的加持良智出现在真嗣的身边并帮助真嗣恢复了信心，最终真嗣决定接受命运的挑战。可是，第十四使徒的确太过强大，初号机陷入 消耗战，能量很快就耗尽了。难道初号机真的会就此败阵吗？
使徒用强力摧毁了初号机的腹部装甲，并开始攻击初号机的核心部件。就在核心部件即将 被摧毁的瞬间，奇迹再度发生，初号机驾驶员与EVA的同频率上升到前所未有的400%，初号机也因此“觉醒”，之后便对第十四使徒展开疯狂的反击。原本强 悍的使徒，在“觉醒”的EVA面前变得不堪一击。令人惊愕的是，EVA居然在打败使徒后，大口的啃食垂死的使徒。这到底是为什么？EVA的背后到底有多少 秘密还不为人知？
与以往相比，这次攻击是NERV损失最为惨重的一次。同时，人们也正在想方设法拯救“溶化”在初号机里真嗣。
拯救真嗣的行动如期展开，但是在计划执行过程中发生了意外。就在所有人都以为计划失败的时候，真嗣虚弱的身体却出现在了众人面前。或许，真是母亲的在天之灵保佑了儿子。
NERV的安全部门已经开始注意到加持的间谍身份，葛城也因此而停职和软禁。副司令冬月奉命前往SEELE接受质询。这使得当事人都有机会回忆起一些曾 经的往事。这其中也包括赤木律子的母亲赤木尚子自杀的真相。事实上，尚子作为“三贤人”的主要设计者，和碇夫妇一样，都是“E计划”最初的参与者。在碇唯 因实验事故而丧生后，尚子与元渡之间暧昧关系就很明显了，这一点就连赤木律子也很清楚。就在“三贤人”系统完成的当日，尚子无意中从（第一）绫波丽口中得 知，元渡之所以跟她亲近完全是为了利用她的才智。在碇元渡的心中，只有一个深爱的碇唯。盛怒之下，她亲手卡死了样貌酷似碇唯的绫波丽。随后，精神崩溃的她 在绝望中自杀了。
在安全部门的调查结束后，葛城美里恢复了自由。此后，不知道是出于怎样的动机，葛城在他们约定的地点开枪击毙了自己深爱的加持良智。回到家中，带着难以言表的悲哀，葛城按下了电话答录机的按键。答录机里传来的是加持给葛城“最后的留言”。悲伤的葛城泣不成声……
在经历了上次的失败后，明日香的自尊心受到了极大的打击。她怎么也不能接受，向来被她蔑视的真嗣会变得比她更重要。不知不觉间，隐藏在她心底的阴影逐渐开始封闭她的心灵，或者说她已经越来越不适合驾驶EVA了。
形如巨鸟，被明亮的光芒所覆盖的第十五使徒出现在了地球同步轨道上。EVA零号机和二号机出战，而初号机则被“雪藏”。鉴于明日香的状态越来越不稳 定，NERV将视这次作战的结果决定是否更换二号机的驾驶员。就在明日香瞄准使徒并准备射击的时候，使徒却抢先向二号机发动了精神波攻击。在赞美诗的乐曲 声中，明日香陷入了前所未有的精神打击之中。她那原本赖以保护内心世界的心理防线被无情的撕破。随之而来的是二号机的精神污染指数急剧攀升，此时的EVA 已经完全丧失了战斗力。
由于目前的情况还不允许彻底放弃二号机，而处于冻结状态的初号机不能出动。碇元渡命令绫波丽驾驶的零号机立即取出保存 在“最终教条”内的朗基劳斯枪，并把它投向了轨道上的使徒。朗基劳斯枪轻而易举的穿透了使徒的绝对领域。应该承认，这次作战的代价是异常惨重的，不但失去 了朗基劳斯枪，而且明日香残存的自信也被完全摧毁了。可是，这一切似乎都在某人的操纵当中。
当第十六使徒出现的时候，唯一能够出动的只剩下了EVA零号机，可是面对越来越强大的使徒，绫波丽到底有多大的胜算呢？
事实上，第十六使徒的确给人以诡异的感觉。从外表上看，它似乎是一个由双螺旋状态光带首尾相接构成的圆环。当它向零号机发动攻击的时候，又迅速幻化成为 蛇形，在突破了零号机的绝对领域后，直接插进零号机的体内。任凭绫波丽和零号机如何挣扎，都无济于事。使徒终于侵入了绫波丽的内心。在绫波丽的面前出现了 由使徒幻化而来的另一个绫波丽。使徒试图说服绫波丽与它融合，但遭到了绫波丽的拒绝。
为了救援绫波丽，二号机紧急出动，但是已经深陷绝望当中 的明日香根本无法操纵EVA，二号机被迫紧急收回。面对如此局面，碇元渡解除了对初号机的“冻结令”，命令其全力救援零号机。然而，初号机的出现，却让绫 波丽更加坚定了启动自爆装置的决心——她不愿意让真嗣也陷入危机。随着巨大的火球升起，所有人都意识到他们熟悉的那个绫波丽和来犯的使徒都不会再出现了。
战斗结束后，搜寻和救援工作立刻展开，当然前提是如果有幸存者。无论是对葛城还是真嗣，绫波丽的牺牲都令人悲伤。正如真嗣自己所说的那样：他已经欲哭无 泪了。可是，谁又能想到，从医院传来消息说，绫波丽虽然身受重伤，但却依然生还了。真嗣和葛城马上赶往医院，可是当他们见到绫波丽的时候，却发觉那个熟悉 的女孩，感觉上变得异常陌生。绫波丽还是以前的绫波丽吗？
赤木律子以代言人的身份前往SEELE接受质询。回来之后，便打电话给真嗣，约他在 基地见面。可是，当赤木准备进入已经废弃的原人工进化研究所时，却发觉密码已经被人改动了。此时，持枪的葛城美里出现在律子的身后。赤木马上意识到是加持 良智生前动的手脚。于是，她答应葛城的要求，带她和真嗣一起进入了人工进化研究所。在这里，葛城和真嗣从律子的口中得知EVA的大部分真相。其实，绫波丽 是人工进化研究所制造的同型号人造人中的一个，在这里还存放着许多类似“绫波丽”的躯壳，不过他们都没有“灵魂”。哪知道，律子居然当着真嗣和葛城的面， 将贮藏备用的躯壳全部销毁了。而从她的言语中，似乎可以断定，她应该是有关碇元渡的复杂感情链条上的又一个牺牲品。
出走的明日香，在失踪后的 第七天被NERV的安全部门找到，而在这天被SEELE直接选送来的第五适格者也来到了NERV。在由于战斗而形成的大水塘边，寂寞的真嗣见到了一个陌生 却显得非常亲切的少年，他就是第五适格者渚薰。在模拟试验里，渚薰的测试数值高得惊人，而他的背景资料却被完全抹掉了，人们只知道他的生日就是发生“第二 次冲击”的那天。可是，他到底是谁？
为了获知真相，葛城冒险去见被监禁的赤木，向她询问渚薰的真实身份。赤木告诉她，那人也许就是最后的使徒。果然，二号机在无人驾驶的情况下，突然自行启动，侦测系统察觉到使徒的反应。在欢乐颂的乐曲声中，第十七使徒侵入了NERV的禁地——“最终教条”。
当真嗣得知被自己视为知己的渚薰，原来就是第十七使徒的时候，强烈的羞辱感让他的愤怒达到了顶峰。他驾驶着初号机一路追赶着渚薰和二号机，也闯入了“最终教条”。
当渚薰面对被钉在十字架上的巨人之时，他很快发觉隐藏在亚当面具背后的其实是莉莉斯——这不过是人类惯用的障眼法罢了。而NERV的侦测系统在“最终教条”里还观察到的另一个不明来源的绝对领域。原来绫波丽也来到了这里，而且她就是莉莉斯的分身。
当真嗣和初号机到达的时候，渚薰已经决心一死，以换取绝对的自由。他带着微笑说，能够与真嗣相遇感到非常幸福。他要真嗣杀死他，并说这是为了人类的未来。紧接着是长久的缄默，直到渚薰的身体在初号机的手中被捏地粉碎。至此，《死海文书》中提到的所有使徒都别消灭了……

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